Tippkeskuse juht on Eesti Maaülikooli professor Ülo Niinemets ja kaasjuht Tartu Ülikooli professor Martin Zobel. Maaelu Teadmuskeskuses juhib ja koordineerib teadustööd vanemteadur Ilmar Tamm.
Tippkeskuse nõukogu
Ülo Niinemets – taimebioloogia ja taimekasvatuse töörühma juht, professor, PKI, EMÜ, tippkeskuse juht
Martin Zobel - taim – mikroob vastastikmõju töörühma kaasjuht, professor, ÖMI, TÜ, tippkeskuse kaasjuht
Urmas Kõljalg – elurikkuse informaatika ja andmeteaduse töörühma juht, professor, ÖMI, TÜ
Ülo Mander – ökosüsteemi funktsioonide ja teenuste töörühma juht, professor, ÖMI, TÜ
Mari Moora – taim – mikroob vastastikmõju töörühma juht, professor, ÖMI, TÜ
Meelis Pärtel – ökosüsteemi teenuste ja elurikkuse säilitamise töörühma juht, professor, ÖMI, TÜ
Marina Semtšenko – taim – muld vastastikmõju töörühma juht, professor, ÖMI, TÜ
Leho Tedersoo - mikroobide elurikkuse ja ökoloogia töörühma juht, professor, ÖMI, TÜ
Ilmar Tamm – taimekasvatuse ja sordiaretuse töörühma juht, vanemteadur, METK
Tiia Kurvits – tippkeskuse projektijuht – koordinaator, põllumajandus- ja keskkonnainstituut, taimekasvatuse ja taimebioloogia õppetool, EMÜ
Rahvusvaheline teadusnõukoda
Tippkeskust nõustavad väliseksperdid, kes moodustavad rahvusvahelise teadusnõukoja:
Marcel van der Heijden, Taim – muld vastastikmõjude teadusrühma juht, Agroscope, Zürich, Šveits (taimeteadus, mikroobide ökoloogia, agroökoloogia);
Morten Lillemo, professor, bioteaduste teaduskond, Norwegian University of Life Sciences, Norra (põllukultuuride aretus);
Josep Peñuelas, professor, Global Ecology Unit CREAF-CSIC, Barcelona, Hispaania (taimeteadus, globaalökoloogia).
Tippkeskuse büroo
Tippkeskuse büroosse kuuluvad koordinaatorid Tiia Kurvits (Eesti Maaülikool), Kersti Püssa (Tartu Ülikool) ning Ilmar Tamm (Maaelu Teadmuskeskus). Koordinaatorite ülesandeks on aidata juhtidel koordineerida 8 teadusrühma vahelist tööd ning korraldada ühiseid sündmusi nagu temaatilised mõttekojad, doktorikoolid, konverentsid, kohtumised põllumajandustootjatega ning teiste huvirühmadega, koolitused sihtrühmadele.