Tippkeskuse töös osaleb kaheksa teadusrühma ja kaks individuaalteadlast.

Eesti Maaülikooli põlumajandus- ja keskkonnateaduste instituudist osaleb taimebioloogia ja taimekasvatuse töörühm (juht prof. Ülo Niinemets).

Tartu Ülikooli ökoloogia ja maateaduste instituudist osaleb kuus töörühma: elurikkuse informaatika ja andmeteaduse töörühm (juht prof. Urmas Kõljalg), ökosüsteemi funktsioonide ja teenuste töörühm (juht prof. Ülo Mander), taim – mikroob vastastikmõju töörühm (juht prof. Mari Moora, kaasjuht prof. Martin Zobel), ökosüsteemi teenuste ja elurikkuse säilitamise töörühm (juht prof. Meelis Pärtel), taim – muld vastastikmõju töörühm (juht prof. Marina Semtšenko), mikroobide elurikkuse ja ökoloogia töörühm (juht prof. Leho Tedersoo) ning 2 individuaalteadlast: elurikkuse informaatika kaasprofessor Kessy Abarenkov ning kaasprofessor Tsipe Aavik.

Maaelu Teadmuskeskusest osaleb taimekasvatuse ja sordiaretuse töörühm (juht vanemteadur Ilmar Tamm).